يتراوح معدل نجاح الحقن المجهري بين 40: 60٪ ، بمتوسط معدل نجاح 50٪ ، أي لكل 100 عملية حقن مجهري، تنجح 50 عملية فقط.
وتحدد جودة الأجنة معدل النجاح، وتؤدي أمراض المناعة إلى فشل عملية الحقن المجهري. وأثبتت الدراسات أن أنجح حالات الحقن المجهري هي حالات تأخر الولادة غير معلومة السبب. والجدير بالذكر أنه يوصى بالحقن المجهري للنساء إذا كان مخزون التبويض ضعيفًا أو إذا كان الحمل متقدمًا.